Il declino di Eraclea iniziò a metà dell’VIII sec. quando, a seguito delle cruente battaglie con l’antica rivale Equilio (attuale Jesolo), nonchè dal progressivo interramento della laguna a causa dei sedimenti portati dal fiume Piave, la popolazione si trasferì a Malamocco. Eraclea all’inizio del IX sec. cominciò a spopolarsi rimanendo solo luogo di villaggiatura per i patrizi veneziani col nome di Civitas Nova. Restò sede vescovile fino al 1440 poi annessa al patriarcato prima di Grado e poi di Venezia.
Nell’XI sec. divenne zona desolata, infestata dalla malaria, percorsa da pestilenze e carestie, abitata da poche anime dedite all’agricoltura e alla pesca.